柏林歌剧院基金会成立于2004年1月1日，由柏林德意志歌剧院、柏林喜歌剧院、柏林国家歌剧院、柏林国家芭蕾舞团和柏林舞美公司这五家独立机构组成。除了基金会总部之外，所有公司的财务、会计和人力资源的中央部门也都在该基金会下运作。
三家歌剧院仍然是独立的机构，拥有各自的艺术总监——马缇亚斯•舒尔茨、巴里•科斯基和迪特马尔•施瓦茨——以及各自独立的预算。由约翰内斯•奥曼担任艺术总监的芭蕾舞团亦是如此。柏林舞美公司将服装和舞台设计工作室合二为一，由洛夫·苏尔独立领导。柏林舞美公司与四家艺术机构达成合约，剧团使用的布景和服装必须由柏林舞美公司来负责。
基金会是五家公司的所有员工的雇主，并拥有所有建筑的产权，包括歌剧院、仓库、行政办公空间和车间等。基金会的资金来自柏林市政府与德国联邦政府的公共拨款。柏林市的拨款用于维护建筑以及开展必要的建筑工程。在2018财年中，柏林市的总拨款为1.425亿欧元，联邦政府的拨款为1000万欧元。
